Yenidoğulanların patologiyası şöbəsi 1975-ci ildən fəaliyyət göstərir. Şöbə 40 çarpayılıqdır. İl ərzində şöbədən orta hesabla 2000-ə yaxın xəstə keçir. Şöbədə yenidoğulan uşaqlara ixtisaslaşmış tibbi yardım göstərilir. Həyatının ilk ayında olan uşaqların müayinə və müalicəsi Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin yenidoğulan uşaqlara tibbi yardımın göstərilməsi standartlarına müvafiq aparılır, bu zaman hər uşağa fərdi yanaşma tətbiq olunur. Şöbə yarandığı ilk gündən ana və uşağın birgə qalması prinsipi ilə fəaliyyət göstərir. Şöbədə ana və körpənin birgə qaldığı müddətdə anaya yenidoğulan körpəyə düzgün qulluq qaydaları öyrədilir, körpələr əsasən  ana südü  və ana südünün yetərsizliyi hallarında qida qatışıqları ilə qidalandırılır. Son bir neçə ildə şöbəyə daxil olan xəstələrin sayının ildən ilə artması qeyd olunur. Bu da Səhiyyə Nazirliyinin İnstitutda apardığı əsaslı təmir-bərpa və yenidənqurma işləri, dərman və tibbi ləvazimatlarla təmin olunması və həmçinin qida təminatının yaxşılaşdırılması ilə əlaqədardır. Şöbədə 1 intensiv terapiya otağı var, hansı ki, küvez, fototerapiya, CPAP aparatı ilə təmin olunub.

Yenidoğulanların patologiyası şöbəsinin iş prinsipi:

-Körpələrin qulluq və müalicəsi üçün optimal şəraitin yaradılması.

-Müalicə və yaş rejiminin təmini.

Şöbədə aşağıdakı patologiyalar üzrə körpələrə yardım olunur:

-qeyri-infeksiyon patologiyalar (hipotrofiya, hiperbilirubinemiya, endokrin və qidalanma pozgunluqları, anomaliyalar və inkişaf qüsurları)

-infeksiyon patologiyalar (irinli-iltihabi xəstəliklər, bronx ağciyər xəstəlikləri)

-nevroloji patologiyalar (asfiksiya, kəllədaxili qansızmalar və s.)

-bir sıra cərrahi patologiyalar zamanı əməliyyatönü hazırlıq və reabilitasiya.

Şöbə aşağıdakı vəzifələri həyata keçirir:

-Bakı şəhəri və Respublikanın doğum evlərindən, regional perinatal mərkəzlərdən, poliklinikalardan, yenidoğulanların anesteziologiya reanimasiya və intensiv  terapiya şöbəsindən, yenidoğulanların cərrahiyyəsi şöbəsindən köçürülən və göndərilən, neonatal dövrü müxtəlif patologiyalarla muşayiət olunan yenidoğulanların vaxtında hospitalizasiyasını təmin edir.

-Yenidoğulanlara, onların anatomik-fizioloji xüsusiyyətləri  nəzərə alınaraq, yüksək ixtisaslaşdırılmış neonatal yardım və qulluq göstərilir.

-Kompleks reanimasiya-intensiv müalicəsi başa çatmış, həmçinin cərrahi patologiyası olan yenidoğulanlara əməliyyatdan sonrakı dövrdə terapevtik və erkən reabilitasiya tədbirlərinin aparılması  təmin edilir.

-Hospital infeksiyaların profilaktikası və müasir səviyyədə sanitar və epidemik tədbirləri təmin edir.

-Yenidoğulanların anaları və qohumları ilə sanitar-maarifləndirici işlər aparılır və onlara emosional və psixi dəstək göstərilir, qidalanma və qulluq barədə məsləhətlər verilir.

Tətbiq olunan müalicə-diaqnostik və profilaktik texnologiyalar:

-Xəstə yenidoğulanlara ümumi qulluq, klinik müşahidə aparılır.

-Mövcud olan stasionar neonatal tibbi yardım standartlarına uyğun olan laborator və instrumental müayinələr (neyrosonoqrafiya, exokardioqrafiya, doppleroqrafiya, daxili üzvlərin ultrasəs müayinəsi, rentgen müayinəsi, EEQ və s) aparılır, körpələr nevroloq, oftalmoloq, LOR, cərrah tərəfindən, analar isə terapevt və psixoloq tərəfindən konsultasiya olunur.

-Yenidoğulanların qidalandırılmasının müasir üsulları (o cümlədən, zondla və göstərişə müvafiq parenteral qidalanma) tətbiq olunur.

-Fototerapiya,

-Temperaturun sabit saxlanılması: uşaqlara küvezdə qulluq təmin edilir.

-Davamlı sərbəst tənəffüs zamanı oksigenterapiyanın bütün üsulları (nazal kanyullar, maska, və s.) tətbiq olunur.

-İnfuzion-transfuzion, inhalyasion, medikamentoz terapiya və dərmanların müxtəlif yeridilmə üsulları tətbiq olunur.