K.Y.Fərəcova adına Elmi-Tədqiqat Pediatriya İnstitutunda 245 çarpayılıq 8 klinik şöbə və bir çox paraklinik bölmələr fəaliyyət göstərir. Hər il institutun klinik-paraklinik bazasında Bakı şəhəri və regionlardan daxil olan 30 mindən çox xəstə uşağa stasionar və ambulator  tibbi xidmət göstərilir. İnstitutda 60 çarpayılıq yenidoğulanların reanimasiya və intensiv terapiya şöbəsi respublika üzrə mərkəz funksiyasını yerinə yetirir. Hal-hazırda institutda pediatr, neonatoloq, uşaq cərrahı, anestezioloq-reanimatoloqlarla yanaşı, dar ixtisaslı həkimlər: allerqoloq, qastroenteroloq, oftalmoloq, terapevt, LOR həkim, genetik, endokrinoloq, kardioloq, nevroloq və infeksionist də fəaliyyət göstərir. İnstitutda xüsusi ixtisaslaşmış vaxtından əvvəl doğulan uşaqların patologiyası şöbəsi vardır ki, bu şöbədə vaxtından əvvəl az və ekstremal az çəkili uşaqlara yüksək səviyyəli tibbi xidmət göstərilir.