K.Y.Fərəcova adına Elmi-Tədqiqat Pediatriya İnstitutunda 6 elmi bölmə fəaliyyət göstərir. İnstitutun əsas elmi istiqaməti Respublikada ana və uşaqların sağlamlığının monitorinqi, çox yayılmış xəstəliklərin müalicəsi və profilaktikası üsullarının təkmilləşdirilməsidir. Bu istiqamətə əsasən 2 problem üzrə işlər aaparılır: Yenidoğulanlarda  və körpələrdə anadangəlmə və perinatal xəstəliklərin profilaktika, diaqnostika və müalicəsi; Uşaqlarda tənəffüs sistemi xəstəliklərinin diaqnostika və müalicəsinin optimallaşdırılması. Hal-hazırda institutda I problem üzrə “Müxtəlif hestasiya yaşlı yenidoğulanlarda mərkəzi sinir sisteminin perinatal zədələnmələrinin erkən diaqnostikası, klinikası, müalicəsi və katamnezi”, “Yenidoğulanlarda nekrotik enterokolitin erkən diaqnostikası, klinikası və müalicə prinsipləri”, “Yenidoğulanlarda neonatal qıcolmaların monitorinqi, diaqnostikası, müalicəsi və profilaktikasında kompleks müayinə üsullarının təkmilləşdirilməsi”, “Kritik vəziyyətdə olan yenidoğulanların təxliyəsi, klinik-laborator müayinə üsulları və  reanimasiya tədbirlərinin təkmilləşdirilməsi”, II problem üzrə aparılan elmi-tədqiqat işi “Erkən yaşlı uşaqlarda bronx-ağciyər xəstəliklərinin müasir diaqnostikası və müalicə prinsipləri” və “Uşaqlarda kistoz fibrozun rastgəlmə tezliyi, klinikası, diaqnostikası, müalicəsi” mövzularında aparılan elmi tədqiqatlar davam etdirilir.  İnstitutda aparılan elmi-tədqiqat  işlərinin nəticələri dərc olunan çoxsaylı elmi məqalələr, monoqrafiya, dərslik, dərs vəsaiti, metodik tövsiyələrdə öz əksinai tapmış, 56 tibb üzrə fəlsəfə doktoru, 5 tibb elmləri doktoru dissertasiyası müdafiə olunmuşdur.